1992 yılında Boğaziçi Üniversitesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü’nde lisans eğitimini tamamladıktan sonra Ümmi İsa’nın Mihr ü Vefa Mesnevisi üzerine bitirme tezini hazırladı. Daha sonra İstanbul Üniversitesi’nde Eski Türk Dili Anabilim Dalında yüksek lisans ve doktora yaptı. Yüksek lisans tezini Modern Uygurca üzerine hazırlayan Yılmaz Önder, Türk Dillerinde Sayı Sözleri adlı tezini 1998 yılında tamamladı. Türk-Amerikan Araştırmaları Derneği’nden aldığı bursla 2001 yılında Prof. Dr. Andreas Tietze ile doktora-üstü çalışmasını yapmak üzere Viyana-Avusturya Bilimler Akademisi’ne gitti. Tietze’nin Tarihi ve Etimolojik Türkiye Türkçesi Lugatı’nda ilmî editör olarak çalıştı. Viyana’da Tietze’nin 2003’teki vefatına kadar kaldı. 1994-2001 yılları arasında Boğaziçi Üniversitesi’nde Türk Dili Tarihi, Türkiye Türkçesi ve Osmanlıca dersleri veren Yılmaz Önder, Viyana’dan dönüşünde Yıldız Teknik Üniversitesi’nde yardımcı doçent olarak görev yapmaya başladı. Bu üniversitede Lisans ve Yüksek Lisans programlarında Eski Anadolu Türkçesi (Eski Osmanlıca), Orhun Türkçesi, Türkiye Türkçesi ve Genel Dilbilim dersleri vermektedir. Aynı üniversitede Yabancılar için Türkçe derslerinin koordinatörü ve öğretim üyesidir.

            Eski Harfli Türkçe Kadın Dergileri kitabının yazarlarından olan Yılmaz Önder’in Osmanlı Hat sanatı, Yabancılar için Türkiye Türkçesi, İlköğretim Türkçe Kitapları, Osmanlı Tevarihleri üzerinde seminerler veren Yılmaz Önder’in Andreas Tietze’nin Biyografisi üzerine bir Deneme, Oğuz Resmi ile Avlanma, Tevârîh-i Âl-i Selçuk’ta Yeme –İçme Kültürü, Anadolu Ağızlarında Miktar İfadesi, Türk Dillerinde Sayı Sistemi vb. ulusal ve uluslar arası yayınlanmış makaleleri bulunmaktadır.